La mecánica operativa para que él FONAES otorgue y dé seguimiento a los apoyos se da en 8 etapas:

1. Publicación de la convocatoria. FONAES publica convocatoria para recepción de solicitudes de apoyo
   
   
2. Recepción de solicitudes. Los Representantes Federales reciben las solicitudes y verifican que cumplan con los requisitos establecidos en las Reglas de Operación
   
   
   
3. Evaluación de solicitudes. Se evalúan las solicitudes de apoyo. (Ver etapas para la evaluación de solicitudes).
   
   
   
4. Priorización de solicitudes. Los representantes federales priorizan las solicitudes con opinión de procedencia positiva, con base en: Techos presupuestales establecidos en el Programa Operativo Anual (POA) Ordenadas de mayor a menor, según la calificación obtenida en el Índice de Rentabilidad Social (IRS).
   
   
5. Autorización de solicitudes. Los Comités Técnicos Regionales o el Comité Técnico Nacional autorizan las solicitudes de apoyo.
   
   
   
6. Formalización y entrega de recursos. Los representantes federales formalizan y entregan los recursos, a través de la firma de un convenio previa revisión de disponibilidad presupuestal.
   
   
   
7. Comprobación de la correcta aplicación de los recursos. Los beneficiarios comprueban y entregan al FONAES, en un plazo no mayor a 60 días hábiles, contados a partir de la entrega de los recursos, copia de los documentos que cumplan con los requisitos fiscales y que comprueben de manera fehaciente, la correcta aplicación de los recursos.
   
   
   
8. Seguimiento de los apoyos otorgados. Los representantes federales darán seguimiento a los proyectos apoyados, efectuando dos visitas de inspección y verificación del avance y desarrollo de los trabajos del proyecto, en el término de un año contado a partir de la comprobación de la correcta aplicación de los recursos. Con base en ello, podrá recomendar y promover acciones de desarrollo comercial y/o empresarial.